1989 : Mercury continue sa carrière de chanteur opéra...Mai voit la sortie de l'album The Miracle et du titre I Want It All (n°3). En juillet, Breakthru est n°7 et reste classé 7 semaines; en août The Invisible Man est n°12; en octobre, Scandal est 25ème et en décembre, The Miracle est n°21. Les premières maquettes du groupe sortent en CD sous le titre Queen At The Beeb (au biberon).

1990 : Les suspicions de la presse quant à la santé de Mercury sont de plus en plus importantes. Le groupe dément formellement le fait que Mercury soit atteint du SIDA. Freddie fait une apparition publique aux British Awards en février. A cette occasion, le groupe se voit remettre une récompense pour sa contribution exceptionnelle à la rock music britannique. En décembre sort la video Queen At Wembley.

1991 : L'année commence bien puisque le titre Innuendo entre directement à la première place des charts. En février, la compilation Greatest Hits entre à nouveau dans le classement des meilleurs ventes d'albums. Queen enregistre de nouvelles chansons. En mars, I'm Going Slightly Mad est n°22 et Headlong n°14; en octobre, The Show Must Go On et ses paroles prémonitoires relancent sérieusement la polémique sur l'état de santé de Mercury. L'album Greatest Hits 2 sort juste un mois avant le décès du chanteur.
Le 23 novembre, Freddie annonce publiquement par un communiqué de presse qu'il a le SIDA et lance un appel à tous ses fans pour l'aider à lutter contre cette terrible maladie. 24 heures plus tard, le 24 novembre, l'étoile Mercury s'éteint.
En décembre, Queen est déclaré "groupe de l'année", lors de la cérémonie des British Awards. Ce même mois, Bohemian Rhapsody est réédité et redevient n°1. Les bénéfices des ventes sont redistribués au Mercury Phoenix Trust pour la recherche contre le SIDA.

1992 : Un concert hommage à Freddie Mercury (the Freddie Mercury Tribute) est organisé le 20 avril par Brian May, John Deacon et Roger Taylor. 72000 personnes assistent au concert au stade de Wembley...concert retransmis dans le monde entier. Queen est entré dans la légende...